هرچند علوم انسانی در سال­های اخیر، خصوصاً پس از پیروزی انقلاب اسلامی، رشد قابل توجهی داشته، اما از آسیب­ها نیز مصون نبوده است

الف: آسیب­های مربوط به نظام سیاسی – اجتماعی

1- عدم وجود راهبرد جامع 

2- تأثیر پذیرفتن از گفتمان مسلط

3- توسعه ناکافی نهادهای مدنی علمی

4- توهم استغنا از علوم انسانی

5- ابهام اتحاد دو نهاد حوزه و دانشگاه

6- نابسندگی معیارها

7- ارتباط ناقص با دستگاه­های اجرایی

8- دست دوم بودن علوم انسانی

9- فرار نخبگان

ب- آسیب­های مربوط به اندیشمندان

1- ابهام ارتباط سنت و تجدد

2- زبان نامشترک با دنیای متجدد

3- ابهام در بومی­سازی

4- ابهام در اسلامی­سازی

5- ناکافی بودن مطالعات بینا رشته­ای و گروهی

6- بحران روش

7- آشفتگی مفاهیم

8- خودسانسوری

9- مردمی نبودن زبان

ج- آسیب­های مربوط به دانش­پژوهان

1- ضریب هوشی پایین

2- بحران کار