هرچند علوم انسانی در سالهای اخیر، خصوصاً پس از پیروزی انقلاب اسلامی، رشد قابل توجهی داشته، اما از آسیبها نیز مصون نبوده است
الف: آسیبهای مربوط به نظام سیاسی – اجتماعی
1- عدم وجود راهبرد جامع
2- تأثیر پذیرفتن از گفتمان مسلط
3- توسعه ناکافی نهادهای مدنی علمی
4- توهم استغنا از علوم انسانی
5- ابهام اتحاد دو نهاد حوزه و دانشگاه
6- نابسندگی معیارها
7- ارتباط ناقص با دستگاههای اجرایی
8- دست دوم بودن علوم انسانی
9- فرار نخبگان
ب- آسیبهای مربوط به اندیشمندان
1- ابهام ارتباط سنت و تجدد
2- زبان نامشترک با دنیای متجدد
3- ابهام در بومیسازی
4- ابهام در اسلامیسازی
5- ناکافی بودن مطالعات بینا رشتهای و گروهی
6- بحران روش
7- آشفتگی مفاهیم
8- خودسانسوری
9- مردمی نبودن زبان
ج- آسیبهای مربوط به دانشپژوهان
1- ضریب هوشی پایین
2- بحران کار